共済組合が行う短期給付や福祉事業に必要となる費用は、組合員が納める「掛金」と、地方公共団体が納める「負担金」で賄われています。負担割合は原則として掛金と負担金が50％ずつになっています。

また、共済組合は、介護保険の掛金・負担金も徴収し、各市町村で運営する介護保険制度へ納付金を支払っているほか、厚生年金の保険料・負担金、退職等年金給付（年金払い退職給付）の掛金・負担金、経過的長期給付（一元化前の公務上遺族・障害年金等）の負担金を徴収し、その全額を長期給付を行う全国市町村職員共済組合連合会へ支払っています。

これらに加え、令和8年4月に支給される給与から、「子ども・子育て支援金」の徴収が開始されます。

子ども・子育て支援金制度は、社会連帯の理念を基盤に、子どもや子育て世帯を全世代・全経済主体が支える新しい分かち合い・連帯の仕組みで、共済組合は、国に代わって子ども・子育て支援金を徴収する代行徴収的な位置づけを担います。

この支援金は、児童手当の拡充など法律で定めた子ども・子育て世帯向けの給付のみに充てられるものであり、短期掛金（医療分）とは区分された仕組みとなっています。

負担率（支援金率）は、令和8年度：2.3‰からスタートし、令和10年度にかけて4.0‰程度まで段階的に上がることが想定されます。ただし、国が令和10年度の支援納付金を最大規模と決めているため、以降、増え続けることはありません。

なお、支援金は月々の給与だけでなく、賞与からも徴収を行います。

産前産後休業・育児休業期間（産後パパ育休（出生時育児休業）期間を含む）中の組合員本人の掛金・保険料および地方公共団体の負担金は、ご本人からの申し出により免除されます。

免除期間は、休業を開始した日の属する月から休業が終了する日の翌日の属する月の前月分までとなります。
（ただし、育児休業の場合は、最長でも子が３歳に達する日までとなります。）